Su origen se remonta a las inquietudes y profunda vivencia eucarística de María del Refugio Aguilar y Torres, viuda de Cancino, quien, inspirada por Dios y apoyada por el Presbítero Vicente María Zaragoza, fundó el Apostolado de Jesús Eucarístico con el fin de extender el Reinado de Jesús Sacramentado en todas las clases sociales y principalmente en la niñez y juventud.

María del Refugio, concibió un proyecto educativo para evangelizar a la familia, a la niñez y junventud y a la sociedad en general, orientado a enseñar que en el centro de todas las ciencias está Dios y que no hay auténtica vida cristiana sin la participación eucarística y la protección de María.

El Instituto fue agregado a la Orden de Nuestra Señora de la Merced, fundada por San Pedro Nolasco para la redención de los Cautivos, el 11 de julio de l925, participando desde entonces de su espiritualidad, de su obra liberadora y de sus dones espirituales.